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    1. Patologie
    2. Covid-19 - Varianti
    Covid-19

    Patologia

    Varianti

    Trattamenti

    Bibliografia

    Varianti

    Prima della comparsa del SARS-CoV-2 nell’uomo erano stati isolati sei tipi o varianti di coronavirus, che erano responsabili di un numero elevato di infezioni respiratorie in adulti immunocompetenti e potevano causare quadri di una certa gravità nella popolazione anziana e pediatrica.18-21

    Il SARS-CoV-2 è stato il settimo coronavirus isolato e caratterizzato in grado di provocare infezioni gravi nell’uomo.22



    Il suo tasso di mutazione è simile a quello di altri virus dell’ordine dei nidovirus, ma minore di quello di virus a RNA che sono dotati di un meccanismo intrinseco di riparazione degli errori durante la replicazione. Per questo motivo il SARS-CoV-2 evolve più lentamente, con la sostituzione di circa due nucleotidi per genoma al mese, rispetto ad altri virus a RNA, come quelli dell’influenza e dell’HIV.23
    Nonostante ciò è stato individuato un numero elevato di mutazioni della sequenza originaria del virus24. L’identificazione con maggior frequenza di determinate omoplasie - mutazioni ricorrenti emerse in maniera indipendente – suggerisce che SARS-CoV-2 si trova in una fase di adattamento a un nuovo ospite.25

    Durante la pandemia sono state descritte molteplici varianti di SARS-CoV-2 geneticamente differenti rispetto alla sequenza originaria. Alcune mutazioni sembra che siano emerse in maniera indipendente in alcune varianti, indicando probabilmente che non possiedono alcun vantaggio adattativo.21
    L’OMS ha sancito l’importanza di monitorare attraverso il sequenziamento genomico la comparsa di nuove varianti di SARS-CoV-2 nell’ambito della sorveglianza COVID-19 e ha evidenziato il valore degli studi filodinamici atti a caratterizzare l’evoluzione dell’epidemia, le variazioni della trasmissione, della patogenicità e dell’epidemiologia.26

    Le differenti mutazioni presenti nelle varianti possono conferire al virus un maggior impatto sulla salute pubblica dovuto a diversi fattori:26

    • aumento della trasmissibilità: si può supporre che con l’aumento del numero di casi aumenti anche la pressione sui sistemi sanitari
    • aumento della gravità o della letalità della malattia
    • aumento della capacità di aggirare l’immunità – cosiddetto escape immunitario - precedentemente acquisita per infezione naturale o per vaccinazione o in risposta al trattamento con anticorpi monoclonali
    • riduzione della sensibilità dei test microbiologici diagnostici
    • riduzione della risposta al trattamento

    La disponibilità del vaccino apre a una serie di interrogativi, tra i quali la possibilità che il virus sparisca a seguito della pressione esercitata dal vaccino stesso o la produzione di mutazioni di escape immunitario di minore rilievo.26

    L’OMS e i Centers for Disease Control and Prevention (CDC) hanno definito 3 tipi di varianti virali a seconda delle caratteristiche correlate a variazioni fenotipiche o a mutazioni associate a variazioni fenotipiche relative alla diffusione, trasmissione in diverse popolazioni o presenza in vari Paesi:21
    • Varianti di interesse (VOI)
    • Varianti che destano preoccupazione (VOC)
    • Varianti con conseguenze significative (VHC)

    • Per i dati aggiornati sulla diffusione di nuove varianti virali di SARS-CoV-2 consultare il portale dei Centers for Disease Control and Prevention o il portale degli European Centre for Disease Prevention and Control

    CDC

    ECDC

     
    Varianti di interesse (VOI)

    Le varianti di interesse possono richiedere una o più azioni di salute pubblica appropriate, incluse una maggior sorveglianza sulla sequenza, una migliore caratterizzazione in laboratorio o la realizzazione di indagini epidemiologiche per valutare la facilità della diffusione del virus, la gravità della malattia, l’efficacia del trattamento e la capacità dei vaccini autorizzati di offrire un’adeguata protezione.21

    Le proprietà di una VOI sono:21

    • presenza di marker genetici specifici che possono influenzare la trasmissione, la diagnostica, il trattamento o la risposta immunitaria
    • essere responsabile di un aumento dei casi o di focolai epidemici
    • avere una prevalenza o espansione limitata nel mondo
    Le principali VOI sono riportate in tabella 1.


     
    Varianti che destano preoccupazione (VOC)

    Le varianti preoccupanti possono richiedere una o più azioni di salute pubblica appropriate, come la notifica all’OMS ai sensi del Regolamento sanitario internazionale, la segnalazione ai CDC, l’impegno locale o regionale per controllare la diffusione o l’aumento dei test o della ricerca per stabilire l’efficacia dei vaccini e dei trattamenti contro la variante.21
    Le proprietà di una VOC (che si aggiungono a quelle già citate per una VOI) sono:21

    • interferenza con i target dei test diagnostici
    • evidenza di una ridotta suscettibilità a una o più classi terapeutiche
    • evidenza di una significativa diminuzione della neutralizzazione da parte degli anticorpi generati durante una precedente infezione o vaccinazione
    • evidenza di una ridotta protezione da parte del vaccino per malattia grave
    • evidenza di maggiore trasmissibilità
    • evidenza di un aumento della gravità della malattia

    In base alle caratteristiche della VOC, ulteriori azioni possono riguardare lo sviluppo di nuovi test diagnostici o la modifica dei vaccini o dei trattamenti.22

    Le principali VOC sono riportate in tabella 2.


    In Italia la variante omicron risulta ormai predominante, come nel resto dell’Unione Europea, con una prevalenza stimata a livello nazionale del 99% secondo l’indagine Istat del 31 gennaio 2022 e una variabilità regionale compresa tra il 95% e il 100%. La variante Delta risulta invece allo 0,9%.29
    Dati aggiornati sulla diffusione delle varianti in Italia sono reperibili nel portale del Ministero della Salute


    Ministero della Salute

     
    Varianti con conseguenze significative (VHC)

    Si tratta di varianti per le quali esiste una chiara evidenza che le misure di prevenzione o le contromisure mediche offrono un’efficacia significativamente ridotta rispetto alle varianti circolanti in precedenza.21

    Le proprietà di una VHC (in aggiunta a quelle già citate di una VOC) sono:21

    • dimostrato fallimento della diagnostica
    • evidenze che suggeriscono una riduzione significativa dell’efficacia del vaccino, con un numero elevato di infezioni postvaccinali o una protezione molto bassa da parte del vaccino per la malattia grave
    • sensibilità significativamente ridotta a terapie multiple autorizzate all’uso in emergenza o approvate
    • malattia più grave e aumento dei ricoveri

    Una variante con conseguenze significative richiederebbe la notifica all’OMS ai sensi del Regolamento sanitario internazionale, la segnalazione ai CDC, la comunicazione di strategie per prevenire o contenere la trasmissione e le raccomandazioni per aggiornare trattamenti e vaccini.21

    Attualmente non ci sono varianti SARS-CoV-2 che raggiungono questo elevato livello di rischio.21

    Cod. M-IT-00001486

    Info utili

    • Bibliografia
      1. WHO. Naming the coronavirus disease (COVID-19) and the virus that causes it. https://www.who.int/es/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/naming-the-coronavirus-disease-(covid-2019)-and-the-virus-that-causes-it

      2. Wu F et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature 2020; 579(7798): 265-9. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32015508/

      3. Zhou P et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 2020; 579(7798): 270-3. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7/

      4. Bloom JD et al. Investigate the origins of COVID-19. Science 2021; 372(6543): 694. www.who.int/publications/i/

      5. Our World in Data. Coronavirus (COVID-19) Cases - Statistics and Research. https://ourworldindata.org/covid-cases

      6. Ministero della Salute. Che cos’è il nuovo coronavirus. https://www.salute.gov.it/portale/nuovocoronavirus/dettaglioFaqNuovoCoronavirus.jsp? lingua=italiano&id=257#3

      7. Latest evidence on COVID-19 - ECD - Europe. www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/latest-evidence

      8. Lauer SA et al. The incubation period of coronavirus disease 2019 (CoVID-19) from publicly reported confirmed cases: Estimation and application. Ann Int Med 2020;172(9): 577-82. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32150748/

      9. McAloon C et al. Incubation period of COVID-19: A rapid systematic review and meta-analysis of observational research. BMJ Open 2020; 10: e039652. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32801208/

      10. Guan W et al. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Eng J Med 2020; 382(18): 1708-20. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32109013/

      11. WHO. Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), 2020 https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-final-report.pdf

      12. National Institute of Infectious Diseases, Japan. Field Briefing: Diamond Princess COVID-19 Cases, 20 Feb Update. https://www.niid.go.jp/niid/en/2019-ncov-e/9417-covid-dp-fe-02.html

      13. Istituto Superiore di Sanità. Sorveglianza Integrata COVID-19 in Italia – 27 febbraio, 2020 https://www.iss.it/documents/20126/0/Infografica_09marzo.pdf

      14. Huang R et al. A family cluster of SARS-CoV-2 infection involving 11 patients in Nanjing, China. Lancet Infect Dis 2020; 20: 534-5. https://www.who.int/china/news/

      15. Long QX et al. Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections. Nature Med 2020; 26(8): 1200-4. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32555424/

      16. Hu Z et al. Clinical characteristics of 24 asymptomatic infections with COVID-19 screened among close contacts in Nanjing, China. Sci China Life Sci 2020; 63(5): 706-11. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32146694/

      17. WHO. Q&A on COVID-19 and related topics. https://www.who.int/es/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/question-and-answers-hub/q-a-detail/coronavirus-disease-covid-19

      18. Therapeutics and COVID-19: living guideline - World Health Organization (WHO), 6 July 2021 https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-therapeutics-2021.2

      19. Galanti M et al. Longitudinal active sampling for respiratory viral infections across age groups. Influenza Other Respir Viruses 2019; 13(3): 226-32. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30770641/

      20. Killerby ME et al. Human coronavirus circulation in the United States 2014–2017. J Clin Virol 2018; 101: 52-6. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29427907/

      21. Paules CI et al. Coronavirus Infections-more than just the common cold. JAMA 2020; 323: 707-8. https://jamanetwork.com/

      22. Centers for Disease Control and Prevention. SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (updated July 20, 2021). https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html

      23. Wrapp D et al. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. bioRxiv 2020; 2020.02.11.9444462. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32511295

      24. Callaway E. Making sense of coronavirus mutations. Nature 2020; 585: 174-7. http://www.nature.com/articles/d41586-020-02544-6

      25. GISAID – Initiative. https://www.gisaid.org/

      26. Van Dorp L et al. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infect Genet Evol 2020; 83: 104351 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7199730/

      27. Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health. https://www.who.int/publications/i/item/9789240018440

      28. De Angelis G et al. Le varianti di SARS-CoV-2. GImPIOS gennaio-marzo 2021; 11(1): 44-46. https://www.gimpios.it/r.php?v=3614&a=35954&l=344821&f=allegati/03614_2021_01/fulltext/08_DeAngelis.pdf

      29. ISS, Fondazione Bruno Kessler, Ministero della Salute. Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variants of Concern) in Italia: B.1.1.7, B.1.351, P.1 e B.1.617.2, e altre varianti di SARS-CoV-2, 30 luglio 2021. https://www.quotidianosanita.it/allegati/allegato3972087.pdf
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